当前，农村基层组织人员贪污贿赂犯罪问题较为严重，但在实践中，检察机关对农村基层组织人员贪污贿赂犯罪查处力度却明显不足。这其中的原因是多方面的，主要有:
一、立法的模糊导致不能准确认定部分农村基层组织人员是否符合贪污贿赂犯罪的主体要件。比如“村民委员会等村基层组织人员”中的“等”到底还包括哪些主体，是否包括村党支部书记，法律没有作出明确的规定，影响了对此类案件的查处。
二、检察机关、公安机关对于农村基层组织人员经济犯罪的交叉管辖导致某些案件实际上无人管辖。
三、农村基层组织人员职务行为的复杂性导致难以认定其是否属于协助人民政府从事行政管理工作的范畴，增加了查处的难度。在农村基层组织人员的职务行为中，村民自治范围的经营、管理活动与协助人民政府从事行政管理工作并不是截然分开的，二者往往相互交织，难以区分。
四、农村基层组织人员贪污贿赂犯罪主体级别低、案值小，导致没有引起足够的重视。
五、举报线索质量不高。许多地方的村务公开流于形式，普通村民很难知悉村里的财务状况和事实真相，对于村干部的举报往往缺乏可靠的线索和有力的证据，导致举报线索成案率较低。
六、案发周期长。大部分村民对村干部涉嫌贪污贿赂犯罪问题，抱着“多一事不如少一事”的态度，只要未直接侵害到自身的利益，便事不关己，高高挂起，在村干部出现贪污贿赂犯罪事实时往往没有人及时举报。
针对上述诸多因素，检察机关应积极采取对策。
一、加强调研，为立法完善提供第一手素材。
二、转变观念，重视对农村基层组织人员贪污贿赂犯罪的查处。
三、加强与其他执法部门的协作。检察机关要与纪检、监察、审计、公安等部门建立广泛的联系，与这些部门密切配合，在各个环节上对农村基层组织人员贪污贿赂犯罪围追堵截。尤其要注意与公安机关协同作战，通过联席工作制、情报共享制度、强化联合执法力度、违法犯罪线索移送制度等各种措施，加强对农村基层组织人员职务犯罪的打击。对于交叉管辖的案件，可以与公安机关进行深入的沟通协调，制定具体的案件移交规程，公安机关或检察机关就辖内问题查处后，对需另一机关管辖的问题及时移交;对于管辖权暂不明确的案件线索，应本着“谁受理、谁初查”的原则处理。通过协作，实现优势互补，加强对农村基层组织人员职务犯罪的打击力度。在实践中，一些成功的做法为我们提供了有益的借鉴:
北京市某区检察院反贪局在受理举报某村党支部书记刘某涉嫌挪用、贪污、侵占的案件线索后，通过初查发现刘某除了涉嫌贪污5000元外，还涉嫌挪用资金10万元、涉嫌职务侵占30余万元。挪用资金和职务侵占都应该由公安机关管辖。为了迅速侦破此案，该院反贪局抽调精兵强将与区公安局、纪检委密切配合，提供侦查思路。根据已经掌握的部分证据，积极主动地开展联合调查。在各个单位的通力合作下，短时间内查清了案件的全部事实，该院对刘某涉嫌贪污案果断立案并及时采取强制措施，使其犯罪引起的矛盾在短时间内得以化解，有力地保障了群众的利益，维护了农村社会的稳定，受到了区委、区政府及全体村民的赞扬。
北京市某县检察院根据北京市检察院、北京市公安局《关于在办理刑事案件工作中加强联系配合的通知》精神，起草并通过了《联席会议制度》，该制度规定了召开联席会议的目的、形式、参加人员、主要内容等，通过该制度的制定，加强了县检察院与县公安局的沟通与联系，为检察机关、公安机关合力打击农村职务犯罪奠定了基础。
四、加强对执法人员的培训。通过对执法人员进行培训，丰富他们的业务知识，提高他们甄别农村基层组织人员职务行为类型的能力。培训可以采用专家讲座、案例讨论等多种形式，同时鼓励执法人员自学，在条件允许的情况下可以对执法人员自学进行物质资助和奖励。
五、加强普法宣传。对村民加强普法宣传，使村民了解检察机关、公安机关管辖农村基层组织人员职务犯罪的范围和界限，提高村民举报的效率;在宣传中注意发动、鼓励群众检举、揭发农村基层组织人员贪污贿赂犯罪，对于举报有功的人员可以考虑给予物质奖励，以扩大打击的效果。在对村民加强普法宣传的同时，注意对基层政权人员进行法律宣传，争取他们对查处农村基层组织人员贪污贿赂犯罪工作的支持。
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