在玩忽职守罪中，有时会牵涉到多名责任人，即危害后果往往是由数人的行为综合作用而造成的，即“一果多因”。在确定玩忽职守罪的责任主体时，应当准确区分直接责任人和间接责任人，主要根据玩忽职守行为与重大损失后果之间有无内在、必然的因果关系加以区分。

如果行为人的行为与重大损失后果之间具有内在的、必然的因果关系，则行为人是直接责任人，应依法追究其玩忽职守罪的责任；反之，则视情况而定。如行为人虽然是间接责任人，但其玩忽职守行为所造成的后果特别巨大，则应承担相应的刑事责任（当然，处罚时与直接责任人相比，可从轻处罚），否则，只能作相应的行政处罚。