金融凭证诈骗罪与诈骗罪，两者之间存在着法条竞合关系。行为人以金融凭证进行诈骗属于诈骗罪的一种表现形式，前者即本罪为特别法条，后者即诈骗罪为一般法条。根据法条竞合适用的原则，除有特别规定的除外，应依特别法条在这里即为本罪定罪量刑。

从理论上看，它们有许多相同之处。

但区别主要是：

（1）诈骗行为发生的时空不同。前者只能发生在金融活动中；后者只能发生在金融活动以外。

（2）诈骗的方式不同。前者是通过使用伪造、变造的委托收款凭证等其他银行结算凭证这一金融道具实施的；后者是使用法律没有明文规定的道具实施的。

（3）犯罪客体不同。前者侵犯的是复杂客体，即国家对金融凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者只是公私财产的所有权。

（4）犯罪主体不同。前者包括自然人和单位；后者只能是自然人。

实践中，如果行为人在非金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证实施诈骗，构成犯罪的应当以诈骗罪定罪处罚。反之，金融活动中使用伪造、变造的其他银行结算凭证进行诈骗，构成犯罪的则应当以金融凭证诈骗罪定罪处罚。