一、在犯罪主体方面，偷税罪是特殊主体，通常只能由纳税人和扣缴义务人。该纳税人必须对其所偷税款负有纳税的义务。而骗取出口退税罪是一般主体，其中非纳税主体犯本罪更为常见。

二、在犯罪的主观方面，两罪同为故意犯罪，但犯罪目的各不相同。偷税罪的目的，是行为人在有纳税义务的情况下，不缴或少缴税款，以此逃避纳税义务。骗取出口退税的目的，则是非法获取国家出口退税款。

三、在犯罪客观方面，偷税罪通常是纳税人以不入帐、虚列开支等欺骗手段不缴或少缴应纳税款。骗取出口退税则是行为人用假报出口等欺骗手段，向税务机关骗取并未缴纳的税款。

四、在犯罪客体方面，两罪都侵犯了国家税收管理制度。但本罪还侵犯了国家财产所有权和外贸经济秩序。另外偷税可针对各种税进行偷税，而骗取出口退税仅违反国家出口退税制度，只可能侵害税收制度中的增值税制度、消费税制度。