1、犯罪动机不同。非法持有毒品罪的主观故意是明知是毒品而非法持有。窝藏、转移、隐瞒毒品、毒赃罪的主观故意是故意为毒品犯罪分子窝藏、转移、隐瞒毒品、毒赃，达到逃避司法机关法律制裁的目的。

2、窝藏、转移、隐瞒毒品、毒赃罪没有数额规定。而非法持有毒品罪规定了数额。窝藏、转移、隐瞒毒品的犯罪分子主要为毒品罪犯窝藏、转移、隐瞒毒品，当然必须先有非法持有毒品的行为，对此，我们认为，如窝藏、转移、隐瞒毒品犯罪人持有的毒品数量达到追究非法持有毒品罪数量的，应以非法持有毒品罪处罚、未达到数量的，可认定为本罪。