二者的本质区别在于主观目的的区别。

若窝藏毒品的行为人为非法持有毒品的犯罪人窝藏毒品，事先通谋构成共同犯罪的，应当属于非法持有毒品罪的共犯。在他人犯非法持有毒品罪后为其窝藏毒品的，由于毒品不是赃物，不能构成窝藏罪。