从理论上说，虚假出资罪与虚报注册资本罪的界限是清楚的，即虚报注册资本罪的欺诈行为针对的是公司登记主管部门，而虚假出资罪针对的还包括对公司其他发起人、股东的欺诈；虚报注册资本行为发生在申请公司登记过程中，而虚假出资行为则发生在资金、财物缴付过程中，在申请公司登记之前。此外，两者在行为目的、犯罪主体上也存在差异。但是，从实际情况看，两者之间存在相互交叉的情况。司法适用中的突出问题是既有虚假出资，又有虚报注册资本的罪数问题。刑法理论和司法实践中有观点认为，行为人先虚假出资，后虚假注册资本的行为，属于手段行为与目的行为的牵连关系，应认定为牵连犯，并按择一重罪处断的原则，以虚假出资罪论处。但是，也有观点认为，如果公司发起人或股东既虚假出资又实施虚报注册资本骗取公司登记的，则按这两罪实行数罪并罚。笔者认为，对此应区分不同情况分别予以认定：
（1）如果行为人虚假出资行为并未欺骗公司其他股东，而只是以虚假出资的方法实现虚报注册资本骗取公司登记的，其行为并不单独构成虚假出资罪，不成立牵连犯，而只能以虚报注册资本罪定罪。
（2）如果行为人虚假出资行为瞒着公司其他股东，并以此再度实施虚报注册资本行为的，分别构成虚假出资罪与虚报注册资本罪，但两者之间成立必要牵连关系，应认定为牵连犯，并按择一重处原则，以虚假出资罪论处。
（3）如果行为人欺骗公司其他股东虚假出资，并且在虚假出资的基础上再度另行使用其他虚假证明文件骗取公司登记的，应分别认定为虚假出资罪和虚报注册资本罪，并实行两罪并罚。
（4）如果行为人欺骗公司其他股东虚假出资，其他股东在不明真象情况下申请公司登记并取得公司登记的，尽管公司出资中有虚假成份，但因申请人不明知而不成立虚报注册资本罪，只应认定虚假出资罪一罪。
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