罪与非罪问题，需要注意两个方面：
1．非法经营行为与正当经营行为的界限，可以从两个方面判断：①行为人主观方面有无扰乱市场秩序的故意和获取非法利润的目的，②客观方面有无违反国家有关法律行政法规所顺序并加以保护的市场经营行为。具体的有无违反97年刑法225条及相应司法解释，而当经营则是国家法律行政法规所允许并加以保护的市场经营行为。
2．非法经营罪的行为与一般违法行为的界限：其区别在于情节是否严重。关于情节严重判断标准参见前面非法经营罪构成要件中的第二条。
正确地认定刑法的非法经营罪
市场经济既是自由经济，也是法治经济，自由的界域止于法律的禁限。只要国家法律法规没有明文禁止和限制的经营活动，均不得视为非法经营行为。要正确地认定刑法第二百二十五条第三项规定的非法经营罪的“其他”表现形式，除了必须符合前述各项条件之外，还应当注意通过理解该条第一、二项的立法精神，来把握三项规定之间的内在逻辑联系，进而正确运用第三项规定。
从该条第—、二项规定的内容分析，不论是专营、专卖物品或者其他限制买卖物品，还是进出口许可证及其他经营许可证或者批准文件，都与国家特定的许可制度有关。可见，非法经营罪的构成与违反国家有关经营许可制度的法律、法规存在某种内在联系。明确这一点，有助于我们正确理解和适用该条第三项规定，防止其被滥用而膨胀为新的“口袋罪”。
经营许可的设定
非法经营罪国家关于经营许可制度的设定，往往与经营主体资格，经营条件和经营物品的范围有关。非法经营罪其出发点是保障国家经济安全，维护国家和人民的重要经济利益，以及维持市场经营的正常秩序。例如，国家规定和公布了不准私营企业及个体产生产和经营的产品目录。
违反禁止性规定的非法经营行为，有的可构成特定的犯罪，如非法制造、买卖、运输爆炸物；非法生产、买卖军用、警用装备、标志；倒卖文物等；有的则可直接适用刑法第二百二十五条第一项规定，如非法经营国家专营专卖物品或者其他限制买卖物品。非法经营其他产品，严重扰乱市场秩序的，就可能适用该条第三项规定论罪。此外，即使是国有企业或者其他非私有单位和个人，未经法定许可而从事必须获得许可或合法授权方可从事的经营活动，扰乱市场秩序情节严重的，亦可构成本罪。
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